環(huán)狀RNA（circRNA）作為一類(lèi)具有全新調(diào)控功能的非編碼RNA，已成為真核生物領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。其通過(guò)非經(jīng)典反向剪接機(jī)制實(shí)現(xiàn)5′端與3′端的共價(jià)連接，形成獨(dú)特的閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)，區(qū)別于線性RNA。盡管circRNA的完整功能網(wǎng)絡(luò)尚未完全闡明，但RNA測(cè)序技術(shù)與計(jì)算生物學(xué)的快速發(fā)展，已顯著推動(dòng)了其在植物和哺乳動(dòng)物中的鑒定與功能注釋進(jìn)程。
現(xiàn)有研究證實(shí)，circRNA廣泛參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控、翻譯調(diào)控、蛋白互作、細(xì)胞增殖、個(gè)體發(fā)育及脅迫響應(yīng)等關(guān)鍵代謝過(guò)程，通過(guò)多維度調(diào)控維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)與生存。基于此，學(xué)界已對(duì)真核生物circRNA的生成機(jī)制、結(jié)構(gòu)特征、生物學(xué)功能及相關(guān)生物信息學(xué)工具開(kāi)展了系統(tǒng)綜述。然而，作為真核生物的重要類(lèi)群，微藻中的circRNA尚未得到系統(tǒng)表征，相關(guān)研究存在明顯空白。
為填補(bǔ)這一研究缺口，本研究采用CIRI2分析流程，對(duì)萊茵衣藻、杜氏鹽藻及三角褐指藻三種系統(tǒng)發(fā)育差異顯著的微藻RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行深度挖掘，成功鑒定出候選circRNA。功能富集分析結(jié)果顯示，這些微藻circRNA可能參與RNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控、mRNA剪接、翻譯控制、葉綠素功能調(diào)控、細(xì)胞色素c合成以及多種轉(zhuǎn)錄后與翻譯后修飾等核心生物學(xué)通路。?
本研究首次繪制了微藻circRNA的調(diào)控圖譜，不僅拓展了circRNA的研究范疇，也為深入解析微藻circRNA的生物學(xué)功能、闡明其在微藻生長(zhǎng)發(fā)育與環(huán)境適應(yīng)中的調(diào)控機(jī)制奠定了重要基礎(chǔ)，為后續(xù)針對(duì)性功能驗(yàn)證研究提供了關(guān)鍵靶點(diǎn)與理論依據(jù)。
原文鏈接：Circular RNAs in microalgae: Uncovering their biological significance
